Lange tijd was het NFI de enige aanbieder in Nederland van forensische expertise in strafzaken. In de 21e eeuw zagen andere particuliere forensische instituten het licht. In 2011 en 2012 is door de minister van Veiligheid en Justitie € 3,5 miljoen beschikbaar gesteld waarmee politie en justitie de mogelijkheid kregen opdrachten te verlenen aan particuliere forensische onderzoeksbureaus in plaats van aan het NFI. In deze pilot is de snelheid van onderzoeken en rapporteren door particuliere instituten als een erg positief aspect van de particuliere forensische instituten ervaren, zo blijkt uit de evaluatie van de pilot. De particuliere instituten scoren ook beter dan het NFI op de aspecten transparantie, eenduidigheid, bureaucratie en leesbaarheid. In het NFI is meer vertrouwen als het gaat om de veiligheid van de gegevens.